Os critérios de cura baseiam-se na clínica e nos dados laboratoriais (sangue e liquor). Os doentes devem ser observados durante pelo menos 2 anos.
Os controlos são efetuados de 3 em 3 meses e pesquisam a ausência de sinais clínicos (para além dos relacionados com lesões irreversíveis antes da terapêutica), na falta de evidência de tripanossomas e nas características citoquímicas do LCR.
Nos doentes tratados na fase nervosa, as alterações no LCR aceitáveis são de menos de 5 células/ml e de menos de 0,3 mg de proteínas por ml.