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Baseia-se na demonstração de oocistos nas fezes de doentes sintomáticos, de preferência a fresco ou em esfregaços corados pelo método de Ziehl-Nielssen, embora esteja descrita a utilidade da auramina 1351 e da imunofluorescência como métodos de diagnóstico alternativos. A carga parasitária nas fezes é geralmente baixa, pelo que é útil realizar a pesquisa num mínimo de três amostras seriadas. A biopsia do intestino delgado ou grosso pode revelar a presença de formas de oocistos ou de formas evolutivas do parasita.

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