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Em caso de suspeita de MAB, deve realizar-se, tão depressa quanto possível, a punção lombar (PL) com colheita de amostras para exame citoquímico e bacteriológico, directo e cultural. As características macroscópicas do LCR (cor, turbidez, pressão de saída) devem ser registadas. O processamento laboratorial das amostras de LCR deve ser imediato, sendo muito vantajoso o contacto verbal do médico responsável com a equipa de Patologia Clínica. A realização de exame directo com coloração de Gram é de grande utilidade e deve fazer parte da avaliação inicial, podendo evidenciar bactérias em 50-90% dos casos de MAB causados pelos agentes mais frequentes (pneumococo, H-influenzae, meningococo e bactérias G-), embora a sua sensibilidade seja mais baixa na meningite por listeria. As amostras de LCR devem ser sempre cultivadas em meio apropriado. E mandatório colher hemoculturas antes do início da terapêutica, a qual não deve nunca ser atrasada desnecessariamente. A determinação da CIM (concentração inibitória mínima) dos fármacos mais utilizados contra as bactérias isoladas, particularmente de pneumococos relativamente a penicilina e cefotaxima, é de grande importância no actual contexto de resistência microbiana, pode influenciar a escolha do esquema de tratamento e deve estar disponível nos centros hospitalares que tratam destes doentes.
Quando disponível, a pesquisa de antigénios pneumocócicos na urina está recomendada, tendo em conta o mau prognóstico da situação clínica e a necessidade de mobilizar todos os meios de diagnóstico etiológico. Note-se, porém, que este método de diagnóstico não substitui os exames culturais, que são, por enquanto, os únicos que permitem determinar a sensibilidade das bactérias aos antibióticos, que é um valioso contributo para o sucesso da terapêutica. Do mesmo modo, a pesquisa, no LCR, de antigénios capsulares dos agentes bacterianos mais frequentemente envolvidos, embora não deva substituir os métodos culturais nem a coloração de Gram, pode ser um elemento orientador adicional valioso, atendendo à gravidade e urgência da situação clínica.
A TC tem pouca utilidade no diagnóstico da MAB, podendo ser um factor determinante do atraso no início do tratamento I9l A realização de TC antes da PL só se justifica em caso de conhecimento ou de forte suspeita da existência de lesão ocupando espaço (papiledema, epilepsia inaugural ou defeitos neurológicos focais periféricos), podendo, eventualmente, ser de considerar, pelo mesmo motivo, em doentes com infecção por VIH que não apresentem aquelas alterações. Nos casos em que se opte pela realização de TC antes da PL, devem ser colhidas hemoculturas e iniciada terapêutica antibiótica empírica antes da imagiologia.

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