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O diagnóstico microbiológico está relativamente facilitado em doentes com infecção VIH atendendo a que a carga parasitária pulmonar é habitualmente elevada. A pesquisa na expectoração induzida por meio de aerossol de soro fisiológico é a técnica recomendada para iniciar o processo de diagnóstico, utilizando as colorações de Wright-Giemsa, Gomori, Papanicolau modificado ou, quando disponível, imunofluorescência directa. O recurso ao LBA pode ser necessário em doentes com elevado grau de suspeita nos quais o exame da expectoração induzida tenha sido negativo. A coexistência de outras infecções pulmonares concomitantes, tais como a tuberculose e a pneumonia bacteriana (cuja ocorrência simultânea é um factor preditivo de mortalidade), deve ser sistematicamente pesquisada nesta população.

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