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O diagnóstico etiológico definitivo da toxoplasmose do SNC exige o recurso a biopsia cerebral com demonstração dos taquizoítos no tecido cerebral, pelo que raramente é feito na prática. O diagnóstico provisório assenta na suspeita clínica, epidemiológica e imagiológica, e na demonstração de resposta à terapêutica medicamentosa dirigida e correctamente administrada, documentada por reavaliação imagiológica ao fim de 2-3 semanas de tratamento. A serologia (IgG) é positiva na maioria dos casos, mas a IgM raramente é positiva e a negatividade serológica não deve excluir o diagnóstico. O exame citoquímico do LCR pode revelar pleocitose ligeira e/ou aumento ligeiro da proteinorraquia, mas é normal na maioria dos casos. A utilização de PCR para toxoplasma a partir do LCR pode apoiar o diagnóstico clínico. O diagnóstico diferencial deve ter em conta as diferentes patologias oportunistas com envolvimento do SNC, particularmente o linfoma não Hodgkin e a TB. Para o diagnóstico das formas extrapulmonares, é necessária a demonstração de taquizoítos nos tecidos afectados.

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