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Deve ser definido para cada caso, embora existam já recomendações relativamente precisas quanto à duração mais apropriada para muitas patologias infecciosas. Raras são as situações que requerem tratamento por mais de 2 semanas no doente imunocompetente.
Citam-se, como excepções, a endocardite, a osteomielite, a brucelose, a TB e a prostatite.
Na maioria dos casos, uma duração de 7-10 dias é suficiente para a esterilização do foco infeccioso, tendo, no entanto, em conta que esta pode ser mais lenta no contexto de imunodepressão. Deve ser salientado que o prolongamento da antibioterapia para além do período razoável para a obtenção de um efeito terapêutico acarreta riscos de emergência de mutantes com resistência cromossómica, com prejuízos para o próprio doente e para o ecossistema hospitalar.

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