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Nos doentes apresentando clínica sugestiva de trombofilia deve-se começar por ter uma história pessoal e familiar cuidada. Devem ter exames laboratoriais, de imagiologia e outros que documentem bem a situação clínica. Devem ser documentados factores de risco adicionais. Deve ser considerada a presença de neoplasia e excluída doença mieloproliferativa (policitemia vera, trombocitemia essencial).
Alguns testes para pesquisa de trombofilia estão afectados nas situações trombóticas e na presença de terapêutica anticoagulante. Também diagnosticar uma alteração de trombofilia na fase aguda do evento raramente pode alterar o seu tratamento inicial, deste modo, o estudo da trombofilia deve ser adiado até pelo menos mais de 45 dias do episódio agudo. A terapêutica do episódio agudo deve ser iniciada de imediato.

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