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Deve ser dada atenção particular às necessidades de hidratação e nutrição dos doentes.
Tal como para a criptosporidiose, a instituição de TARV é essencial para o controlo das manifestações clínicas e deve ser instituída precocemente, embora possa não ser suficiente para erradicar o estado de portador. A infecção intestinal por E. bieneusi pode responder ao tratamento com albendazol, 400 mg/2xdia, p.o., durante pelo menos 4 semanas (a duração ideal do tratamento não está estabelecida, podendo ser benéfico manter a medicação até à recuperação da função imunitária do doente). Embora o albendazol não seja eficaz in vivo contra E. intestinalis, deve-se tentar o tratamento nestes doentes, uma vez que não estão estabelecidas alternativas aceitáveis. O albendazol deve também ser o tratamento inicial para as infecções encefálicas ou disseminadas por Trachi-pleistophora spp. Nas infecções intra-oculares por esse agente, está recomendada a utilização de fumagilina em colírio (70 mg/ml), eventualmente associada ao albendazol sistémico. De notar que o albendazol não deve ser utilizado durante a gravidez.

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